设立自由贸易试验区是国家战略，是顺应全球贸易发展新趋势，是实行更加积极主动开放战略的一项重大举措。重庆检验检疫局结合重庆产业特点和发展现状，主动研究政策，围绕自贸区制度创新进行了大胆地探索和实践，将自贸区检验检疫制度创新与两江新区内陆检验检疫改革创新示范区建设、中新（重庆）战略性互联互通示范项目同步谋划，实施制度创新的融合，走出了新路子，取得了新成效。
“要权”与“放权”
减少审批层级，对“上”向质检总局主动“要权”，对“下”向分支机构、企业主动“放权”，实现简政放权、放管结合、优化服务的协同推进，逐步实现政府管理由注重事先审批转为注重事中、事后监管。重庆局在政府职能转变上可谓下足了功夫。
实施动植物检疫审批负面清单制度以来，打通冰鲜肉类进口空中通道，使检疫审批时间由15个工作日减少到5个工作日。2016年全年受理进境动植物检疫审批815份，进口肉类共2002吨，同比增长333%，大大提高了通关效率。其中空港进口冰鲜肉类3.78吨；水港进口冰鲜肉类12.444吨，为全国首批海江联运进口冰鲜肉类。
通过实施特殊物品电子监管，实现申请、审批、核销和监管网络化和信息化，实施12个月内1次审批、分批出入境核销措施，企业可以足不出户就办理入出境审批手续。2016年，共审批拟经重庆口岸出入境的特殊物品52批次，包含诊断试剂、酶制剂等属D级风险的生物制品类特殊物品近200万支/盒。
大胆推行以采信第三方合格评定结果为核心的出口食品备案监管模式，出口食品企业备案办理时限年平均2.7个工作日，列全系统第一。2016年全年出口食品备案企业，出口量达1.84亿美元，较去年同期增加27.58%。
有效提升贸易便利化水平
重庆局在中西部省市率先打破区域与机构限制，实行检验检疫“通报、通检、通放”一体化通关模式，市内企业可“就近就地”自主选择在市内任一检验检疫机构办理报检、计缴费、申领证单、放行等检验检疫手续，简化了程序，降低了成本。据初步测算，每批进出口货物可为企业节省1天的通关时间和200元的单据传递、往返交通费用。2016年共完成“通报”27批，货值158万美元；“通检”4324批，货值3.9亿美元；“通放”259批，货值923万美元。
重庆局创新在CCC免办的适用面、分类监管、反复进出境等进行创新突破。推动提升保税出口加工电子信息产业和重庆汽车摩托车行业产品研发创新能力，支持企业建设全球化研发体系，预期报检周期将缩短80%，产品研发周期减少2-5个月，富士康集团鸿富锦公司对共计38批5037台打印机原型样机获批重复入境作研发测试，据此开发的新机型当年出口243.93万台，货值3.19亿美元，在同类产品中占比分别为22.34%、41.54%，有效提升了企业产品研发能力。
重庆局创新以“集中监管、并批检验、第三方检验结果采信、缺陷退运”四项措施为主的进口整车检验监管模式，极大地促进了“渝新欧”整车进口，将单台汽车检验时间缩短至6分钟，累计进口汽车整车1924辆，货值9101万美元，整车进口量居全国同期获批口岸之首，实现重庆进口摩托车从无到有，实现摩托车进口524辆，货值470万美元。
机制改革助力新兴业态发展
结合重庆营商环境的发展，重庆局主动作为，重点支持中欧班列、跨境电子商务等新兴业态发展，加快传统产业转型升级，构建具有地方特色、富有核心竞争力的现代产业体系。
重庆局主动融入国家战略部署和自贸区建设，创新内陆通关放行和口岸监管模式，支持中欧班列扩量增效。实施一体化、无纸化、空检铁放、集中监管、第三方检验结果采信、口岸联动，区域联动，口岸延伸、既查既放等新模式。创新实施渝新欧运邮分段监管、监管互认模式，对中欧班列实行全天候服务，将口岸监管“前推后移”，实现口岸验放“零等待”，成功保障“渝新欧”、“渝满俄”进出境货运班列317列对中欧班列返程食品创新采用“空检铁放”管理模式，每批次为企业节省费用近万元。帮助重庆成为全国唯一获准可通过货运列车进行国际运邮的试点城市，成功实现国际邮件在全国率先通过中欧班列发往欧洲。帮助企业完成跨境电商史上第一次采用铁路运输方式从国外运回商品。目前，“渝新欧”班次数量占全国中欧班列的45%，货值占所有从新疆阿拉山口出境的中欧班列货值总量的85%，居全国首位。
重庆局建立完善以“双清单”“双备案”、双体系、“双平台”“三制度”为基础的监管服务机制。实施“多方结果采信”“先入区、后申报”“集中申报、集中放行”“入区检疫、区内监管、抽样检测、出区核销、网上监测、后续追溯”等多种监管放行模式，实现“进得来、放得快、管得住、可追溯”。
2016年，重庆跨境电子商务实现交易19.67亿元，较去年同期增长1.5倍。在国内率先实施跨境电商小批量进口免于强制性认证特殊检测监管度，累计超过100批，近7000台跨境电商进口小家电在2至5个工作日内获得市场准入，市场准入成本降低90%以上，准入时限从2至3个月缩短到2至5个工作日。