1月12日以来，深圳检验检疫局报送的《关于2016年工作情况及2017年初步打算的报告》获广东省委副书记、代省长马兴瑞，广东省副省长何忠友，深圳市委书记许勤，深圳市市委常委刘庆生等广东省、深圳市主要领导批示肯定。

1月16日，马兴瑞批示：“2016年，深圳局锐意改革创新、积极服务大局，在优化服务、便捷通关、安全防控等方面成效显著，有力促进了全省外贸经济持续健康发展。希望新的一年坚持创新驱动、打造一流口岸，为我省构建创新型、开放型经济，实现‘三个定位、两个率先’作出更大贡献！”

1月12日，何忠友指出：“深圳局在服务外贸稳增长、助推自贸区创新发展、智慧口岸建设、支持质量强省和守住国门等方面作出积极贡献。”

1月18日，许勤批示：“感谢深圳局对深圳经济社会发展的大力支持，赞成去年的工作总结和今年的工作打算，支持深圳局高质量开展工作，积极推进质量提升年的工作，创新模式，提升质量，构建优质、高效、智慧的检验检疫体系。”

1月13日，刘庆生指出：“深圳局围绕深圳改革、发展、创新的中心工作，很好地开展全方位的服务工作，大力度实施工作体制机制的改革创新，大幅度提高工作质量和工作效率，广受社会各方面好评，得到了市委市政府的高度认可。”

2016年，深圳局融入地方发展大局，大力推动经济外贸持续健康发展，助力广东实现“十三五”良好开局。2016年，深圳口岸检疫出入境人员2.36亿人次，检疫出入境交通工具1506.16万次，检验检疫货物81.06万批，检疫集装箱1987.32万标箱。此外，该局创建“千锤百炼”党建工作品牌，荣获深圳市直机关工委党建创新指数第一名；获评为广东省文明单位。期间，获上级领导批示125次，其中国家领导人批示16次。